Nos primeiros anos após a conversão e o batismo (386-391), Santo Agostinho retira-se do mundo com seus amigos e realiza uma profunda revisão de vida e de pensamento, tendo agora como referencial a tradição recebida de Ambrósio e as Escrituras. Uma de suas preocupações é dar resposta às acusações dos maniqueus contra o caráter revelado das Escrituras judaicas. Surge então seu primeiro comentário aos primeiros capítulos do Gênesis. De caráter apologético e alegorizante, Sobre o Gênesis, contra os maniqueus é destinado a oferecer subsídios para o confronto com as interpretações de tendência maniqueísta; visa sobretudo a defender a bondade inerente à Criação e à Providência divina.